El Museu Nacional de la Natura i la Ciència (国立科学博物館 , Kokuritsu Kagaku Hakubutsukan) és un museu de ciències naturals situat a la zona nord-oriental del Parc de Ueno, a Tòquio (Japó). Fou inaugurat el 1871 i ha tingut diversos noms, incloent-hi Museu del Ministeri d'Educació, Museu de Tòquio, Museu de la Ciència de Tòquio, Museu Nacional de la Ciència del Japó. Porta el seu nom actual des del 2007. Fou renovat a les dècades del 1990 i 2000. Ofereix una àmplia varietat d'exposicions d'història natural i d'experiments científics interactius.
Posseeix articles sobre la ciència durant el període pre-Meiji al Japó.